L'area del Laterano deve il suo toponimo nome alla famiglia dei Laterani i quali, in età imperiale avevano notevoli proprietà nella zona. Gli scavi effettuati sotto la pavimentazione della basilica, hanno riscoperto una serie di costruzioni sviluppatesi nel corso di 2 secoli.
Una delle più antiche testimonianze è prorio un caseggiato appartenuta alla nobile e potente famiglia dei Laterani. Un loro esponente, Sesto Laterano, partecipò senza successo ad una congiura contro Nerone, che lo condannò a morte e ne confiscò le proprietà. I resti del complesso sono alcuni ambienti del I sec. d.C. decorati con pitture di IV stile.
In seguito alla distruzione della domus dei Laterani, a livello superiore si trovano i resti delle caserme degli Equites Singulares, la guardia imperiale a cavallo, istituita da Settimio Severo verso la fine del II sec. d.C.. I resti ora visibili sotto la navata maggiore della basilica, sono pertinenti alla zona centrale dell'antico edificio e sono identificabili con il praetorium; l'area del comandante della caserma.
Sotto il transetto della basilica, ci troviamo probabilmente di fronte a al dormitorio dei soldati, con le camere disposte su due livelli paralleli e coperte da volte a crociera. Un'interessante testimonianza la presenza di un capitello rovesciato che reca una data incisa, il 2 giugno del 203 d.C., dedicata a Settimio Severo e al figlio Geta (quest'ultima iscrizione abrasa probabilmente per volere del fratello Caracalla, in seguito alla sua damnatio memoria), dal Collegium degli Equites.
L'edificio che si trova sotto l'attuale abside della basilica, corrisponde ad una costruzione del III sec d.C.,è ornato da uno straordinario mosaico a disegno geometrico in tessere bianche e nere. Alcuni degli ambienti che si disponevano attorno al cortile conservano ancora le tracce delle decorazioni a fresco con riquadri dipinti.
Dopo la battaglia di Ponte Milvio, l'imperatore Costantino punì il corpo di guardia per essersi schierati con il rivale Massenzio, sciogliendo il corpo e distruggendo la loro caserma. In seguito all' Editto di Milano del 313 d.C., i muri della caserma e delle altre costruzioni prima citate, vennero utilizzate come fondazione e contenimento per la prima basilica cristiana a Roma.