Secondo la tradizione, essa fu costruita nel luogo in cui, agli inizi del V secolo, i resti di due santi alessandrini, Ciro e Giovanni, furono sbarcati a Roma per essere trasferiti nella cittā.
Dal secolo XI secolo in poi appartenne al monastero di Santa Maria in Via Lata, e, nei documenti dell'XI-XIII secolo č chiamata Sancti Abbacyri oppure Sancti Cyri et Iohannis, in ricordo dei due santi per i quali fu costruita la chiesa.
Nel XIV secolo al nome di Abbaciro si sostituė quello di Santa Pacera o Passera: cosė in un documento del 1317 si parla di un pezzo di terra "posita extra portam Portuensem in loco qui dicitur S. Pacera".
Questo appellativo sarā poi prevalente nei secoli successivi. Sull'origine del nome attuale Passera, santa che non č mai esistita nella storia del cristianesimo, l'ipotesi pių probabile č che esso derivi dal titolo abbās Cyrus ("padre Ciro"), da cui il nome Abbaciro: dalla storpiatura popolare di questo termine sarebbero derivati Appaciro, Appācero, Pācero, Pācera ed infine Passera.
Nel XIV secolo l'antica chiesa fu completamente ristrutturata e sopraelevata.
Il complesso di Santa Passera č composto di tre piani sovrapposti: l'attuale chiesa, costruita nel XIV secolo; sotto vi č la cripta, resti della primitiva chiesa, risalente ad un oratorio del V secolo; al livello pių basso, un ambiente ipogeo identificato come un'antica tomba d'epoca romana.